果蔬在入庫前要進行挑選和整理，挑選工作要仔細的逐個進行，其目的是把受機械傷、蟲傷或成熟度不同的果蔬分別剔除。因為果蔬中含有大量的水分和營養物質，是微生物生活的良好培養基。微生物侵入果蔬體內的途徑都是在果蔬的機械傷或蟲傷的傷口處，被微生物污染的果蔬很快會腐爛變質。不同成熟度的果蔬也不宜混在一起保藏。因為較成熟的果蔬，再經過一段時間保藏后會形成過熟現象，其特點是果體變軟，并即將開始腐爛。有些果蔬經過挑選后，可以長期冷藏的應逐個用紙包裹，并裝箱或裝筐。包裹果蔬用的紙，不要太薄。經過對果蔬無不良作用的化學藥品處理過的紙。

果蔬入庫后要采取進一步降溫的辦法，果蔬在采收后，在原料產地及時進行冷卻把果蔬內的熱量散出。冷卻后的果蔬用冷藏車運到冷藏庫可直接進行冷藏。如果原料產地未經冷卻的果蔬，進入冷藏間后，要采取逐步降溫的辦法。

不同種類的果蔬應控制在各自的適宜溫度下進行貯藏，因為不同種類的果蔬，它能忍受低溫的能力是各不相同的。不適宜的低溫和冷凍會影響果蔬正常的生理功能，引起風味品質的變化，這對貯藏是不利的。

果蔬中含有大量的水分，這是維持果實生命活動和新鮮品質的重要條件。采摘后的果蔬在長期貯藏過程中，逐漸蒸發水分大，就會出現枯萎等鮮度下降的明顯象征。果蔬的水分蒸發，一方面是由于呼吸作用，散發出一部分水分；另一面是貯藏環境的空氣濕度過低。引起果蔬枯萎，降低了商品價值。